Dans Counter-Strike, les armes sont réparties en trois catégories : armes principales (fusils à pompe, pistolets mitrailleurs, fusils d'assaut, fusils de précision et mitrailleuses), armes secondaires (pistolets) et arme de corps à corps (couteau). L'arsenal du joueur ne contient qu'une arme de chaque catégorie. Certaines armes disposent de deux modes de fonctionnement (avec ou sans lunette de visée par exemple), changeable d'un clic droit de souris. Enfin, certaines armes ne sont disponibles qu'en fonction du camp choisi par le joueur. Les armes montrent des qualités diverses : la fréquence de tir, la puissance de feu, la précision, la force de recul, le poids et le prix d'achat. Le profil et le prix d'achat de chaque arme est différent, permettant l'équilibre de jeu général et assurant que les armes faibles soient également attirantes. Le prix des armes dans Counter-Strike 1.6 est fixe, alors que dans sa suite actuelle, Counter-Strike: Source, ceux-ci varient chaque semaine en fonction des achats effectués par les joueurs la semaine précédente, accentuant le réalisme du jeu au niveau de l'offre et de la demande.

Les armes du jeu ont été reproduites à partir d'armes réelles, auxquelles Valve a attribué des noms fictifs en raison des droits sur celles-ci. Cependant, ces noms restent proches des originaux : Par exemple, le SIG-552 s'appelle Krieg 552 et le Colt M4A1 est devenu Maverick M4A1.

 

L'AK-47, une des armes terroristes les plus utilisées.